Ngày 11 tháng 05 năm 2006, Bộ trưởng Bộ Quốc Phòng ký Quyết định số 82/2006/QĐ-BQP về việc chuyển đổi Công ty Tân Cảng Sài Gòn sang hoạt động theo mô hình Công ty mẹ – Công ty con. Trong đó, quyết định thành lập mới Công ty CP Đại Lý Giao Nhận Vận Tải Xếp Dỡ Tân Cảng là Công ty con do Công ty mẹ giữ Cổ phần chi phối, đặt nền móng cho sự phát triển không ngừng lớn mạnh của Công ty Tân Cảng Logistics ngày hôm nay.
Là Công ty con đầu tiên của Tổng công ty Tân Cảng Sài Gòn, trải qua hơn 12 năm xây dựng và phát triển đến nay Tân Cảng Logistics đã trở thành doanh nghiệp lớn mạnh trong lĩnh vực khai thác cảng, khai thác depot container, dịch vụ xếp dỡ, dịch vụ đóng rút, dịch vụ hun trùng…
Không chỉ dừng lại ở các lĩnh vực kinh doanh truyền thống, Công ty còn mạnh dạn đầu tư ra ngoài doanh nghiệp với việc liên kết thành lập các Công ty như: Công ty CP Tân Cảng – Bến Thành, Công ty Tân cảng – 128 Hải Phòng, Công ty Tiếp vận Tân Cảng – Đồng Nai; và đang tiếp tục mở rộng nhiều dự án theo từng mảng dịch vụ, để nâng cao tính chủ động, chuyên nghiệp, nâng cao doanh thu, lợi nhuận, khẳng định sự lớn mạnh, uy tín, thương hiệu của Công ty trong ngành khai thác cảng, dịch vụ Logistics.
Với chiến lược xây dựng và phát triển SXKD bền vững trên “3 trụ cột’: khai thác cảng, dịch vụ logistics, dịch vụ biển, dựa trên “3 nền tảng”: chất lượng dịch vụ hàng đầu hướng tới khách hàng, quản trị tiên tiến nguồn nhân lực chất lượng cao, kỷ luật quân đội – văn hóa doanh nghiệp, gắn với trách nhiệm cộng đồng. Là một trong những Công ty Cổ phần có doanh thu, lợi nhuận cao nhất trong toàn Tổng công ty.
Mặc dù phải đối mặt với nhiều khó khăn, thách thức trong ngành khai thác cảng biển, song với sự năng động, sáng tạo, quyết đoán và dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng uỷ ban Tổng Giám Đốc Tổng Công Ty Tân Cảng Sài Gòn, trực tiếp và thường xuyên là Ban giám đốc Công ty, toàn thể cán bộ công nhân viên đã nỗ lực phấn đấu vươn lên hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ quân sự, quốc phòng và sản xuất kinh doanh. Công ty vinh dự được nhận nhiều các phần thưởng danh hiệu cao quý của Đảng và Nhà nước trao tặng như: Chủ tịch nước tặng Huân chương Lao động hạng hai.Bằng khen Thủ tướng Chính phủ, Bằng khen Bộ trưởng Bộ Quốc Phòng, Cờ Thi đua Bộ Quốc phòng, Top 100 giải thưởng Sao vàng đất Việt, Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Tài chính, Bộ trưởng Bộ Công thương, Bằng khen của Chủ tịch Ủy ban nhân dân Tp. HCM, Danh hiệu Đơn vị Quyết thắng do BTL Hải quân tặng, Top 05 Doanh Nghiệp quản trị Công ty tốt nhất và nhiều danh hiệu cao quý khác…
Tiếp tục những thành công trên con đường xây dựng và phát triển, Công ty tự tin sẽ vững vàng vượt qua những khó khăn, thách thức để tiếp tục phát triển bền vững, trong lĩnh vực khai thác cảng và các dịch vụ hậu cần sau cảng.